Фамилия Гордюкова происходит от мужского имени Гордей (в просторечии Гордий). Само имя пришло на Русь из греческого языка через церковный календарь, где оно означает «грозный», «быстрый» или, по другой версии, происходит от названия фригийского города Гордион. Однако фамилия образована не напрямую от канонического Гордей, а от его разговорной формы Гордюк. Суффикс -юк характерен для украинской, белорусской и южнорусской традиции: он указывал на молодого человека, сына или ученика. То есть Гордюк — это «маленький Гордей» или «сын Гордея». А фамилия Гордюкова — это форма родительного падежа, закреплённая за женой или дочерью: буквально «чьих будете?» — Гордюковых, из рода Гордюка.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: имя → уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом -юк → фамилия на -ов/-ев. Суффикс -ов в женском варианте Гордюкова указывает на принадлежность к роду, а не на личное прозвище самой женщины. В старых документах, например в переписных книгах XVII века, такие фамилии часто записывали в форме «Гордюков сын» или «Гордюкова жена».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям. Наибольшая плотность носителей традиционно фиксируется в Воронежской, Курской и Белгородской областях, а также в Ростовской области. Встречается она и на Кубани, что связано с переселением казаков и крестьян в XVIII–XIX веках. Фамилия не относится к числу редких, но и не входит в первую сотню самых распространённых в России.

В отличие от фамилий на -ин (Гордин), которые тоже образованы от имени Гордей, вариант Гордюкова несёт в себе отчётливый диалектный отпечаток. Если Гордин — это типично московская или северная форма, то Гордюкова — маркер южного происхождения предков. В ономастических словарях, например в работах Б. Унбегауна, такие пары (Гордин — Гордюков) приводятся как примеры регионального расхождения в суффиксации.