Фамилия Гордынов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не обязательно указывает на горделивый нрав предка. В русской ономастике слово «гордыня» имело два отчётливых полюса: с одной стороны, христианский грех, с другой — уважительное «гордый» в значении «достойный, независимый, имеющий чувство собственного достоинства». Поэтому первая версия происхождения — от прозвища Гордыня, которое могли дать человеку с твёрдым, неуступчивым характером, не склонному к унижениям. Вторая версия — от нецерковного имени Гордыня, которое в древности родители могли дать ребёнку как имя-оберег: считалось, что названный так вырастет стойким и не сломается перед трудностями.

Модель образования прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?» — Гордынов). Формально это типичная русская патронимическая фамилия, но в отличие от фамилий на -ин (Гордынин), суффикс -ов чаще встречался в южных и центральных регионах России, а также у выходцев из казачьих областей. Встречаемость фамилии крайне низкая — она не входит даже в сотню тысяч самых распространённых русских фамилий, что указывает на локальное бытование, возможно, в пределах одного уезда или даже одного села.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Гордеев, Гордынин, Гордый) показывает, что Гордынов стоит особняком. Если Гордеев образовано от канонического имени Гордий (из греческого «гордиев узел»), то Гордынов — от чисто русского слова, без античных корней. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» такая модель описана как типичная для прозвищ, выражающих моральные качества, но без уточнения по конкретной фамилии — настолько она редка.

Социальный контекст: носители фамилии Гордынов, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию. Фамилии на -ов у крестьян закрепились в основном после отмены крепостного права в 1861 году, так что если предок носил прозвище Гордыня, то документально фамилия могла оформиться именно в XIX веке. Однако нельзя исключать и более раннюю фиксацию у служилых людей или казаков — в реестрах Запорожской Сечи или донских станиц прозвища подобного рода встречаются с XVII века.