Фамилия Горнефер — редкая, но прозрачная по составу и, скорее всего, имеет профессиональное происхождение. В её основе лежат два немецких корня: «горн» (Horn — рог, а также духовой инструмент) и «фер» (Führer — вожак, ведущий, тот, кто ведёт или управляет). В буквальном переводе Горнефер — это «роговод» или «ведущий рог». Такая модель образования характерна для немецких фамилий ремесленников: например, Вагенер (каретник), Мюллер (мельник). Горнефер, вероятно, обозначал мастера, который изготавливал рожки, охотничьи рога или музыкальные инструменты из рога, либо человека, который носил или подавал сигнал рогом — например, лесного сторожа или почтальона.

Вторая, менее очевидная версия, отсылает к топониму. В немецкоязычных землях встречаются названия поселений или урочищ, где «Горн» могло означать угол, выступ, а «фер» — перевозчика, паромщика (Fähre). Тогда Горнефер — это «перевозчик у мыса» или «житель углового перевоза». Однако эта гипотеза слабее, так как в фамилиях на -er чаще закреплялось именно ремесло, а не местоположение.

Фамилия не является исконно русской. Она попала в Россию вместе с немецкими колонистами, которых приглашали Екатерина II и Александр I для освоения Поволжья, Новороссии и Причерноморья. Горнеферы могли осесть в Самарской, Саратовской губерниях или в Крыму. Со временем фамилия обрусела, но сохранила исходное звучание. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были колонистами-земледельцами или ремесленниками, а не дворянами.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Горнефер), и склоняется, если принадлежит женщине (Анны Горнефер). Встречаются варианты написания с одной «р» (Гонефер) или с удвоенной «ф» (Горнеффер), но основной вариант — через «е» после «р». Сегодня Горнеферы живут в Германии, России, Казахстане и США, и число носителей невелико — фамилия остаётся штучной, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска.