Фамилия Говнюшка — редкий и яркий пример того, как прозвище, данное по поведению или характеру, закрепилось в качестве родового имени. В основе лежит слово «говнюк», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое, прямое и грубое, относилось к человеку нечистоплотному или сквернослову. Второе, более любопытное, встречалось в диалектах и могло означать «упрямец», «вредный человек» или даже «маленький, незначительный» — в зависимости от региона. Суффикс -юшк- в данном случае не уменьшительно-ласкательный, а скорее пренебрежительный или указывающий на носителя признака, как в словах «зверюшка» или «воришка». Таким образом, Говнюшка — это не «маленький говнюк», а «тот, кого так прозвали за соответствующий нрав или привычку».

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. Большинство русских фамилий образуется суффиксами -ов/-ев, -ин или -ский. Здесь же мы видим застывшую форму прозвища в именительном падеже, что характерно для украинской или южнорусской традиции (ср. фамилии типа Непийвода, Забияка). Это наводит на мысль, что фамилия могла возникнуть на границе русских и украинских земель, где подобные «голые» прозвища без дополнительных суффиксов становились фамилиями особенно часто. В официальных документах XIX века такую фамилию могли записать, не переделывая, если прозвище было устойчивым и человек был известен в своей общине именно под ним.

Версия о происхождении от профессии или географического названия маловероятна. Никакого ремесла «говнюшка» не существовало, а топонимов с таким корнем в доступных источниках не зафиксировано. Поэтому наиболее правдоподобное объяснение — прозвищное, бытовое. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был крестьянином или мещанином, получившим нелестное, но цепкое прозвище от соседей за какой-то заметный недостаток характера: излишнюю придирчивость, сварливость или, наоборот, крайнюю неопрятность.

Сейчас фамилия встречается крайне редко, в основном в единичных записях по югу России и Украине. Из-за звучания, которое в современном языке воспринимается как откровенно бранное, многие носители могли сменить её в советское время на более благозвучную. Тем не менее, для историка ономастики Говнюшка — ценный экспонат: она показывает, что в народной среде фамилии не стеснялись прямоты, и то, что сегодня кажется табуированным, триста лет назад было лишь меткой, описывающей человека без прикрас.