Фамилия Говнюшкина — редкий случай, когда исходное слово лежит на поверхности, но выводы из него делать нужно осторожно. Основа здесь — «говн-», корень, который в древнерусском языке не был исключительно бранным. Слово «говно» изначально обозначало «грязь», «нечистоты» или «отходы», без той резкой эмоциональной окраски, которую оно получило позже. Суффикс «-юшк-» — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный, характерный для прозвищ в северных и центральных русских говорах. Таким образом, «Говнюшка» — это не ругательство в современном смысле, а скорее бытовое прозвище человека, связанного с грязной работой, чисткой отхожих мест, кожевенным делом или просто неряшливого.

Модель образования фамилии — типичная для русских фамилий на -ин: от прозвища на -а/-я (Говнюшка) через притяжательное прилагательное («чей?» — Говнюшкин). Женская форма Говнюшкина появилась, когда фамилию закрепили за женщиной или когда её записали по отцу. Мужской вариант — Говнюшкин. Встречаемость фамилии крайне низкая, она не входит в списки распространённых русских фамилий. Основные очаги можно искать в бывших вотчинах, где крестьянские прозвища фиксировали с максимальной прямотой — например, в Архангельской или Вологодской губерниях, где переписи населения XIX века сохранили немало «неприличных» с сегодняшней точки зрения фамилий.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает закономерность: Говнов, Говнин, Говнояров — все они восходят к той же основе, но суффикс -юшк- делает прозвище более «домашним», уменьшительным. Вероятно, предок носителя фамилии не был злым или грубым человеком, а просто получил кличку за род занятий или внешнюю неопрятность, которую в деревне не считали смертельным оскорблением. Ономасиологи (например, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») отмечают, что такие основы — маркер низкого социального статуса носителя в момент закрепления фамилии: скорее всего, предок был крестьянином или посадским человеком, а не дворянином.

В XX веке фамилия могла становиться причиной для насмешек, но в среде носителей её обычно воспринимали как данность, без попыток сменить — в отличие от более «неблагозвучных» вариантов вроде Говнов, которые меняли массово. Сегодня Говнюшкина — редкая и очень конкретная фамилия, которая буквально рассказывает о бытовой стороне жизни предков, не оставляя места для красивых легенд.