Фамилия Грачуха — редкий пример отыменного образования, где исходное прозвище или мирское имя построено по модели, характерной для южнорусских и украинских говоров. Суффикс -уха (как в прозвищах Горюха, Ветрюха, Болтуха) придаёт основе экспрессивный, часто сниженный или бытовой оттенок. В основе лежит слово «грач» — птица семейства вороновых.

Смысл, который вкладывали в такое именование, двойственен. С одной стороны, давая младенцу имя Грачуха, родители могли следовать древней традиции «природных» имён: считалось, что названный в честь птицы получит её качества — выносливость, связь с землёй, способность предчувствовать события. С другой — народное сознание часто противопоставляло чёрных птиц (грача, ворона, галку) светлым, «божьим» голубям. Грача считали нечистым, созданным дьяволом, связывали со смертью и потусторонним миром. Но одновременно он считался вещей птицей, живущей до трёхсот лет и предсказывающей беду. Поэтому имя могло служить и оберегом: злые силы не тронут того, кто уже «отмечен» их символом.

Есть и более приземлённое объяснение. Грачухой могли прозвать человека за внешность — за чёрные, как смоль, волосы. Такая мотивировка встречается у многих «птичьих» прозвищ (Воробей — за маленький рост, Сокол — за острый взгляд). В этом случае прозвище закреплялось за родом без мистического подтекста.

Родственные фамилии фиксируются в документах с XV–XVII веков. В исследованиях С. Б. Веселовского упоминаются: Грачев Иван, крестьянин (1627 год), и Грачко Трофим, крестьянин (1492 год, Переяславль). Форма Грачуха стоит в том же ряду, но её ареал, скорее всего, уже — западные и южные области Древней Руси, где был распространён суффикс -уха.