Фамилия Градчанинов — редкий случай, когда географическое прозвище сохранило не только корень, но и почти неизменную форму исходного названия. Основа здесь — «Градчане»: так называли жителей местности Градчаны (чеш. Hradčany) — исторического района Праги, расположенного вокруг Пражского града. В русской традиции, особенно в документах XVIII–XIX веков, это название могли записывать на слух, без адаптации к славянским суффиксам, что и дало фамилию с редким окончанием «-анинов».

Суффикс «-анинов» (в просторечии часто стягивался до «-анов») указывает на принадлежность к определённой местности или народу — по той же модели образованы фамилии Дворянинов, Рязанинов, Болгаринов. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был выходцем из Праги или имел прозвище «Градчанин» — то есть «человек из Градчан». В России такие прозвища давали либо иностранным специалистам (архитекторам, ремесленникам, купцам), либо русским, побывавшим в тех краях и усвоившим местный говор.

Версия о происхождении от слова «град» (город) с суффиксом «-чан» менее убедительна: фамилии от «горожанин» (Горожанинов, Городчанинов) в русском языке есть, но форма «Градчанинов» выглядит как калька с чешского топонима, а не как народное прозвище. Если бы корень был чисто русским, скорее получилось бы «Городчанинов» или «Градский».

Фамилия очень редкая. В дореволюционных справочниках и метрических книгах она встречается спорадически, преимущественно в центральных губерниях и в среде духовенства (где часто давали «географические» фамилии выпускникам семинарий по месту службы или учёбы). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это, скорее всего, поздняя семинарская или купеческая фамилия, закрепившаяся за одной-двумя семьями.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет: Градчанинов стоит особняком, в отличие от распространённых Градов, Градских или Городничевых. Это делает её ценной для генеалогического поиска — носители, скорее всего, связаны общим предком, получившим прозвище от пражского пригорода.