Фамилия Графинина — редкий случай, когда женская форма фамилии закрепилась в качестве основной. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от мужских прозвищ или профессий, а окончание -а указывает на принадлежность женщине: «жена Графинина» или «дочь Графинина». Но здесь, скорее всего, перед нами «матроним» — фамилия, данная по матери. В XIX веке в крестьянской среде, особенно в северных и сибирских губерниях, детей могли записывать по имени матери, если она была вдовой или главой дома. Так сын или дочь женщины по прозвищу Графиня получали фамилию Графинины.

Основа фамилии — прозвище Графиня. В крестьянском быту так могли назвать женщину с гордой осанкой, любящую наряжаться или держаться с достоинством, словно барыня. Не исключено, что прозвище дали в насмешку — за манеры, не соответствующие простому происхождению. В говорах слово «графиня» могло звучать иронически, как «важная особа». В отличие от фамилий на -ский, которые указывали на владение землёй (например, Голицын — от владения Голицыно), здесь нет связи с дворянским титулом: это чисто бытовое прозвище.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: «чей?» — «Графинин». Если бы фамилия образовалась от мужского прозвища Граф, мы бы имели форму Графов или Графин (от Графа). Форма Графинина прямо говорит, что в основе лежит женское прозвище. Это редкая черта: большинство русских фамилий патронимические (по отцу), а матронимы встречаются в несколько раз реже. В переписях и метрических книгах фамилия встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Пермской губерниях — именно там, где матронимы были распространены.

Двойственная форма — Графинин и Графинина — объясняется просто: мужские варианты оканчиваются на -ин (Графинин), женские на -ина (Графинина). В современном паспорте за женщиной закреплена форма Графинина, но исторически это однофамильцы. Встречается и вариант с ударением на второй слог: Графи́нина, что типично для северных говоров, где ударение часто смещается.