Фамилия Грахин — один из тех случаев, где на первый взгляд прозрачная основа таит в себе неожиданный поворот. Кажется, что корень «грах» должен быть связан с чем-то греческим или, возможно, с птицей грачом. Но лингвистика здесь предлагает более интересный путь.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын или потомок человека по имени Грах). Основа «Грах» — это, скорее всего, не имя и не прозвище, а сокращённая форма от канонического крестильного имени Аграфена. В народной речи имя Аграфена (женская форма от Агриппина) звучало как Груня, Граня, а в некоторых говорах — и как Грах. Соответственно, «Грах» — это мужское прозвище или обиходное имя, которое давали мужчине по имени матери (такое случалось, если мать была главой семьи или просто носила редкое имя). От этого имени и пошла фамилия: Грахин — буквально «сын Граха», то есть сын того, кого в быту звали Грахом (от Аграфены).

Другая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с диалектным словом «грах». В некоторых южнорусских и украинских говорах «грах» — это горох (изменённое «горох» через аканье и упрощение). Прозвище Грах могли дать крестьянину, который выращивал горох или торговал им. Однако против этой версии говорит то, что «гороховые» фамилии (Горохов, Горошков) распространены, а вариант «Грах» встречается редко и чаще фиксируется именно как производное от имени.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где аканье было нормой: Курская, Воронежская, Ростовская области. Встречается она нечасто, что косвенно подтверждает её происхождение от редкого обиходного имени, а не от массового прозвища по профессии. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — в дворянской среде такие «материнские» фамилии на -ин от женских имён почти не встречались.