Фамилия Граммакова — довольно редкая и необычная по звучанию. Её основа, скорее всего, связана не с грамматикой как наукой о языке, а с конкретным прозвищем или профессией. В русских говорах слово «граммак» или «грамак» могло означать человека грамотного, умеющего читать и писать — в среде, где грамотность была редкостью, такое прозвище давали с уважением, а иногда и с иронией. Реже в основе лежит диалектное «грам» — шум, гам, ссора; в таком случае прозвище Граммак мог получить крикливый или скандальный человек.

Фамилия образована по стандартной русской модели: от прозвища Граммак через притяжательный суффикс -ов- (Граммаков) с последующим женским окончанием -а. Таким образом, Граммакова — это «жена или дочь Граммака». Фамилия фиксируется преимущественно на юге России, в частности в Воронежской и Ростовской областях, что указывает на её возможное украинское или донское происхождение: в украинском языке слово «грамак» также означало «грамотей», а суффикс -ак- типичен для украинских прозвищ.

Примечательно, что фамилия не имеет отношения к греческой букве «гамма» или к фамилии Грамматиков, которая образована от семинарского имени Грамматик. Граммакова — народная, а не искусственная фамилия, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды, где умение читать и писать выделяло человека из общей массы. Встречается также вариант написания с одной «м» — Грамакова, что не меняет этимологии, но может указывать на более позднюю адаптацию в документах.