Фамилия Грауер звучит не по-русски, и это первый ключ к её происхождению. Она относится к числу фамилий, принесённых в Россию немецкими колонистами, ремесленниками или специалистами, приглашёнными на службу в XVIII–XIX веках. В немецком языке основа фамилии — Grau, что значит «серый». Суффикс -er в немецких фамилиях обычно указывает на профессию или характерный признак человека: так, Grauer могло означать «серый человек» — либо по цвету волос, либо по одежде, либо по прозвищу.

Скорее всего, фамилия образована не напрямую от цвета, а от конкретного занятия. В южнонемецких диалектах словом Grauer называли скорняка, обрабатывающего серый мех (беличий или кроличий), или красильщика, работавшего с серой краской. Есть и другая, менее распространённая версия: Grauer могло быть прозвищем для человека с сединой или бледной кожей, но в ономастике чаще отталкиваются от профессионального значения, поскольку фамилии такого типа (Schmidt, Müller, Fischer) массово возникали именно по ремеслу.

В России фамилия Грауер встречается редко и сосредоточена в регионах, где были немецкие колонии: Поволжье, Санкт-Петербургская губерния, а также в Сибири, куда переселенцев отправляли в советское время. Встречаются варианты написания — Грауэр, что ближе к немецкому произношению с твёрдым «р» на конце, но в русской передаче закрепилось «Грауер» без умлаута.

Важно не путать фамилию с похожей на слух «Грауэр» (Grauer) — она может быть австрийской или баварской, где суффикс -er имеет то же значение, но распространена шире. В России же Грауер — это почти всегда след немецкой иммиграции, искать её корни в славянском языке бессмысленно: ни корня «грау», ни типичного русского суффикса здесь нет. Фамилия не получила массового распространения и осталась в узком кругу потомков тех самых колонистов и мастеровых.