Фамилия Гребенин — одна из тех, что образована напрямую от прозвища, а не от имени или профессии. В её основе лежит древнерусское слово «гребеня» — так в ряде говоров называли гребень, расчёску, а также человека с крупным, выдающимся гребнем волос или, возможно, с неровным, «гребешковым» профилем. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Гребенин — сын или потомок человека по прозвищу Гребеня.

Интересно, что фамилия избежала самого распространённого суффикса -ов, хотя основа на твёрдый согласный обычно приводит к нему. Здесь сработала модель, типичная для прозвищ на -а/-я: от них фамилии чаще образовывали через -ин, как от имён женского рода (Гаврила → Гаврилин, Фома → Фомин). Гребеня — прозвище именно мужчины, но по форме оно совпадает с существительными женского склонения, что и определило суффикс. Это редкий случай, когда морфология прозвища пересилила привычный шаблон.

Однокоренных фамилий несколько: Гребнев, Гребенщиков, Гребенюк. Но Гребенин стоит особняком — он не указывает на ремесло гребенщика и не называет владельца просто «гребнем». Прозвище Гребеня могло быть дано за внешнюю примету: вихор на макушке, торчащий чуб или, наоборот, залысина, напоминающая зубец гребня. В северных и сибирских говорах «гребеня» означала ещё и гребень холма, так что не исключена и географическая привязка — прозвище человека, жившего на возвышенности.

Точных сведений о сословной принадлежности первых Гребениных нет, но суффикс -ин чаще встречается в крестьянской и мещанской среде, особенно в центральных и северных губерниях. Фамилия недворянская, неискусственная — она из тех, что складывались стихийно в XV–XVII веках, когда прозвище переходило к детям без изменений. Сегодня Гребенины встречаются редко, и это скорее плюс для поиска: чем меньше носителей, тем выше шанс, что все они восходят к одному общему предку, а не к разным линиям.