Фамилия Грихонин — одна из тех, что образована напрямую от народной, нецерковной формы крестильного имени. В основе лежит имя Грихоня — просторечный вариант имени Григорий, широко распространённый в русских говорах. Григорий (от греческого «грегорео» — бодрствую) дал огромное количество производных форм: Гриша, Гриня, Гришата, Грихно, Грихоня. Последняя и стала основой для фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Грихонин буквально означало «сын Грихони» или «человек из семьи Грихони». Такая модель типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я (сравните: Гаврила — Гаврилин, Фома — Фомин). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются у потомков людей с именами на твёрдый согласный, -ин закрепился в северных и центральных регионах России.

Географически фамилия Грихонин не массовая, но имеет устойчивые очаги. По данным современных исследований, она чаще всего встречается в Вологодской, Архангельской областях и в Пермском крае — то есть на территориях поздней новгородской колонизации. Это косвенно подтверждает, что фамилия могла возникнуть в среде крестьянского или посадского населения, где имя Грихоня было в ходу ещё в XV–XVII веках.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «грихоня» могло приобретать ироничный оттенок — так называли нерасторопного, медлительного человека, хотя в основе всё же лежит имя. Споров среди ономастов по поводу происхождения фамилии практически нет — версия от имени Григорий через форму Грихоня признаётся основной и бесспорной. Редкие варианты написания (Грихонин с ударением на первый или второй слог) не меняют смысла, а лишь отражают местные диалектные особенности произношения.