Фамилия Груньковская — женская форма от мужской Груньковский. Она образована по типичной для польской и западнорусской шляхты модели: основа плюс суффикс -ский/-цкий. Такие фамилии указывали либо на родовое поместье, либо на место, откуда человек был родом. В основе здесь лежит название населённого пункта вроде Груньково или Грунька. Топонимов с корнем «грунь» на карте Польши, Беларуси и Украины сохранилось несколько — например, деревня Грунь (Грунька) в Подляском воеводстве или село Грунь в Сумской области. Корень «грунь» в местных говорах означает «возвышенность, холм», а в польском языке «gruń» — это «горка, пригорок». Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, владел землёй или жил на холмистой местности, которая в документах закрепилась как Груньково.

Мужская форма Груньковский встречается редко, и это тоже указывает на шляхетское происхождение. В Речи Посполитой окончание -ский было маркером дворянства, особенно среди мелкой шляхты, которая брала фамилию по названию своего фольварка или урочища. Позже, после разделов Польши, такие фамилии распространились в западных губерниях Российской империи — на территории современных Беларуси, Украины и Литвы. Женская форма Груньковская закрепилась в быту как фамилия дочери или жены.

Словообразовательная цепочка простая: топоним Грунь (холм) → притяжательное прилагательное Груньков (относящийся к Груни) → фамилия Груньковский. Суффикс -ов- здесь выполняет соединительную роль, указывая на принадлежность к месту, а не на отчество. Если бы фамилия происходила от личного имени Грунька (уменьшительного от Григорий или Агриппина), она звучала бы как Грунькин или Грунькина, но не Груньковская. Поэтому версия с прозвищем маловероятна: корень «грунь» в значении «холм» для этой фамилии основная.

Встречается фамилия преимущественно в западных областях Украины, в Беларуси и среди потомков польской шляхты, переселившихся в Сибирь и на Дальний Восток в XIX–XX веках. В России она редкая, но не уникальная. Написание через «о» (Груньковская) — нормативное, хотя в старых метрических книгах могла фиксироваться как Груньковска, без мягкого знака, что отражает польскую орфографию.