Фамилия Губахина — женская форма фамилии Губахин, и её происхождение связано не с городом Губаха в Пермском крае, а с личным прозвищем. Основа фамилии — слово «губа». В русских говорах «губа» имела не только прямое значение, но и переносные: так могли назвать обидчивого или плаксивого человека («губа не дура» — о разборчивом, но здесь скорее о том, кто часто надувает губы), а также человека с заметной, крупной губой. Прозвище Губаха — это экспрессивная форма с суффиксом -ах(а), который в русской антропонимии давал прозвища по характерной черте внешности или поведения (сравните: Гуляха, Кричаха, Лепёха). Такая модель была особенно продуктивна в северных и северо-восточных регионах России, где прозвища на -аха встречаются чаще, чем в среднерусской полосе.

От прозвища Губаха образовалась фамилия Губахин по стандартной патронимической модели: «чей сын?» — Губахин. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду человека по прозвищу Губаха. Фамилия довольно редкая, в основном встречается в Пермском крае и Кировской области, что косвенно подтверждает её севернорусское происхождение. Вопреки возможной ассоциации, город Губаха появился позже фамилии — в XVIII веке как посёлок при руднике, и его название, скорее всего, тоже произошло от того же прозвищного корня, а не наоборот.

С точки зрения социального контекста, Губахины — это потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по прозвищу. В документах XVI–XVII веков на Русском Севере встречаются записи о крестьянах с прозвищем Губаха, но конкретные носители фамилии Губахин в дореволюционных источниках не выделяются в отдельное сословие. Ономастический словарь Б. Унбегауна относит эту модель к характерно русским, но не затрагивает её отдельно. Фамилия сохранила архаичную словообразовательную форму, что делает её ценной для историков языка: суффикс -ах(а) в прозвищах к XX веку почти вышел из активного употребления.