Фамилия Губинский образована от названия Губино. На территории России очень много сел и деревень с таким названием: деревня Губино в Можайском районе Московской области, село Губино в Лепельском районе Витебской области, Губино в Орехово-Зуевском районе Московской области и многие другие. Согласно этому, основатель рода Губинских мог проживать в одном из этих мест. Название Губино восходит к нарицательному «губа».