Фамилия Губский образована по одной из самых распространённых в славянском мире моделей: от прозвища через суффикс принадлежности -ск-. Прозвище Губа на Руси давали не только человеку с заметными, толстыми губами, но и обидчивому, «надутому» — тому, кого легко «задеть за живое». Вторая версия не менее правдоподобна: в старых говорах «губа» могла означать и гриб (например, «губа» — разговорное название некоторых съедобных грибов), и даже залив или излучину реки. Тогда прозвище получал либо грибник, либо житель у речной губы.

Суффикс -ск- в фамилии Губский выдаёт её происхождение не из крестьянской среды с типичными -ов/-ев, а скорее из шляхетской или духовной. Такие фамилии часто закреплялись за выходцами из сёл и местечек с корнем «Губ-»: например, Губское, Губа — в Беларуси и на западе России. Владелец земли или переселенец из такого места мог получить прозвище Губский, а затем и фамилию.

Позже прозвище Губа, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Однако в случае с Губским важнее географическая привязка: суффикс -ск- указывает на «человека из Губова» или «с Губки». В ономастических справочниках (например, в работах Б. Унбегауна) такие фамилии относят к «топонимическим» — образованным от названия места, а не напрямую от черты характера. Поэтому самая вероятная версия: предок носителя фамилии Губский был либо помещиком из имения Губское, либо крестьянином, переписанным по месту жительства.

Встречается фамилия в основном в западных областях России, на Украине и в Беларуси — там, где топонимы с основой «Губ-» особенно часты. Встречаются и однокоренные варианты: Губин, Губов, Губенко, но Губский стоит особняком из-за аристократичного звучания суффикса.