Фамилия Гуденин — один из тех случаев, когда форма на -ин не указывает на принадлежность отцу или матери, а скрывает за собой профессиональное прозвище. Суффикс -ин в русских фамилиях чаще всего присоединяется к основам на -а/-я (Гудя → Гуденин), реже — к основам на мягкий согласный. В данном случае исходная форма — Гуденя или Гудена.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «гудеть» или «гуденить» — то есть издавать протяжный звук, гудок. В северных и центральных говорах «гуденя» могли назвать человека, который постоянно напевает себе под нос, или же того, кто работает с гудками: пастуха, игравшего на рожке, или бурлака, задававшего ритм. В некоторых областях «гуденой» называли волынку или другой народный духовой инструмент — отсюда прозвище мог получить музыкант, мастер по изготовлению таких инструментов или просто завсегдатай гуляний.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с личным именем Гуда, сокращённой формой от крестильного имени Гурий или от древнерусского Гудослав. Такие имена встречались в Новгородских писцовых книгах XV–XVI веков, однако фамилия Гуденин не относится к числу древних боярских или дворянских — она скорее крестьянская или посадская, что подтверждается её концентрацией в центральных и поволжских губерниях.

Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века встречается вариант написания «Гуденинов» — с двойным суффиксом, что указывает на вторичное образование от уже существовавшей фамилии. Это говорит о том, что первоначальное прозвище Гуденя было достаточно распространено, чтобы дать начало нескольким ветвям. Сейчас фамилия встречается нечасто, но сохранилась преимущественно в Нижегородской, Костромской и Кировской областях — в тех местах, где «гудеть» означало не шуметь, а работать голосом или инструментом.