Фамилия Гудеевы произошла от прозвища Гудей, которое давали предку-родоначальнику. Слово «гудей» восходит к глаголу «гудить», но его значение менялось в зависимости от региона. В южных и западных русских говорах «гудить» означало «порицать, осуждать, хаять». В новгородских же землях у того же глагола был совсем другой смысл — «манить, обольщать, обманывать». Поэтому прозвище Гудей могло достаться либо человеку сварливому и любящему покритиковать, либо, наоборот, плуту и ловкому мошеннику.

Есть и вторая, не менее вероятная версия. В русском языке «гудок» — старинный смычковый музыкальный инструмент, предшественник скрипки. Играть на нём называли «гудить», а самого музыканта — «гудей». В этом случае предок Гудеевых был не обманщиком, а народным исполнителем, возможно, скоморохом или участником свадебных обрядов.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе прозвища Гудей добавили патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы). Такой способ формирования фамилий был особенно распространён в XVI–XVII веках, когда крестьян и посадских людей начинали массово записывать по отцу.

Интересно, что фамилия Гудеев — редкий случай, когда один и тот же корень даёт две совершенно разные профессиональные и поведенческие характеристики: от «осуждать» до «обманывать» и «играть на гудке». Однофамильцев с корнем «гуд» немало: Гудков, Гудошников, Гудин. Но Гудеевы стоят особняком благодаря суффиксу -еев, который встречается реже, чем -ов или -ин.

Точное место возникновения фамилии не установлено: процесс закрепления прозвищ в фамилии шёл долго и в разных губерниях независимо. Однако по говорам, на которые указывает прозвище, можно предположить, что корни рода лежат на северо-западе (Новгород) или в южнорусских областях.