Фамилия Гуденкова принадлежит к числу русских фамилий, образованных с помощью суффикса -ов и женского окончания -а. В основе лежит мужская форма Гуденков, а та, в свою очередь, происходит от прозвища или мирского имени Гуденок. Ключевая деталь, которая выделяет эту фамилию среди похожих, — суффикс -енок-.

Этот суффикс в русских фамилиях встречается реже, чем стандартные -ов или -ин, и указывает на уменьшительно-ласкательную или «детскую» форму. В древнерусском языке -енок обозначало детёныша или молодого человека (сравните: «телёнок», «козлёнок»). Соответственно, Гуденок — это «маленький Гуд», сын или ученик человека по прозвищу Гуд. Само прозвище Гуд восходит к глаголу «гудеть». В старину гудцом называли музыканта, играющего на гудке — старинном смычковом инструменте. Гудок был предком современной скрипки, и гудцы водились по всей Руси, сопровождая народные гулянья и свадьбы.

Таким образом, предок носителей фамилии Гуденков, скорее всего, был либо сам гудочником, либо получил прозвище за привычку напевать или издавать гудящие звуки. Фамилия могла закрепиться в северных и центральных губерниях России, где традиция игры на гудке держалась дольше всего. Встречаются также написания Гудёнков — с буквой ё, что не меняет смысла, но подчёркивает произношение в некоторых говорах.

Женская форма Гуденкова — это естественное грамматическое окончание, обозначающее жену или дочь Гуденкова. В быту фамилия могла склоняться как типичная русская фамилия на -ов: «поговорить с Гуденковым», «книга Гуденковой».