Фамилия Гуденко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской ономастике означает «сын» или «потомок» (ср. аналогичные Гриценко, Павленко). Основа — прозвище Гуд, и здесь открывается простор для нескольких версий, ни одна из которых не исключает другую.

Самая прямая линия ведёт к украинскому глаголу «гудити» — осуждать, хулить, порицать. В новгородских говорах тот же глагол имел оттенок «манить, обольщать, обманывать». Значит, Гудом могли прозвать либо въедливого критика, вечно всем недовольного, либо, наоборот, льстеца и обманщика. В любом случае прозвище цеплялось к характеру.

Другая версия отталкивается от корня «гуд» в значении «гудение, шум, крикун», а также «толки, пересуды, наговоры, сплетни». Тогда Гуд — человек с гулким, раскатистым голосом или любитель пустых разговоров. Это бытовое прозвище, которое давали без злого умысла, просто за манеру речи.

Третья, более редкая гипотеза связывает прозвище с народным смычковым инструментом гудок — предком скрипки, с тремя струнами и без выемок по бокам. Гудом могли назвать музыканта, игравшего на гудке. Эта версия менее вероятна, но возможна в среде, где инструмент был распространён.

Фамилия Гуденко — украинская по суффиксу и, скорее всего, по происхождению. Она не встречается в старых московских боярских списках, зато обычна в реестрах казаков и крестьян Левобережной Украины. Суффикс -енко указывает, что прозвище закрепилось за родом ещё в XVI–XVII веках, когда такая модель стала массовой. Со временем Гуденко перестало означать «сын Гуда» и превратилось в наследственную фамилию — безотносительно к тому, был ли предок говорлив, сварлив или музыкален.