Фамилия Гудылко образована по характерной для украинской и южнорусской ономастики модели с суффиксом -ко. Этот суффикс в фамилиях чаще всего указывает на уменьшительную или обиходную форму прозвища или имени. В основе фамилии лежит прозвище Гудыло, а точнее — его производная форма Гудыл(о). Само слово «гудыло» в диалектах означало того, кто гудит, издает протяжный звук, или же музыканта, играющего на гудке — старинном смычковом инструменте. Гудок был распространен среди скоморохов и народных музыкантов, поэтому предок носителя фамилии мог быть либо гудошником, либо человеком с низким, гудящим голосом.

Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «гудеть» в переносном смысле — так могли прозвать ворчуна, брюзгу или того, кто постоянно напевает себе под нос. В украинском языке слово «гудити» также означает «хулить, бранить», что добавляет оттенок прозвища для сварливого человека. Однако прямое значение, связанное со звуком и музыкой, кажется более прозрачным и распространенным.

Суффикс -ыл(о) в прозвищах (ср. Грызло, Дудило, Сопело) типичен для восточнославянской народной традиции и обозначает деятеля по характерному действию. Фамилии на -ко, такие как Гудылко, в XVI–XVII веках массово фиксировались на территории современной Украины, особенно в Черниговской, Полтавской и Киевской губерниях, а затем распространились на юг России и в Беларусь. Таким образом, Гудылко — это фамилия, указывающая на предка-музыканта или человека с характерной манерой говорить или петь, и ее географические корни лежат в украинском регионе.