Фамилия Гугнилев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с физическим недостатком речи. В русских говорах «гугнивый» означало «гнусавый», «говорящий в нос». Человек, который произносил звуки нечисто, «гугнил», получал прозвище Гугнила или Гугнило. От него и образовалась фамилия с типичным русским суффиксом принадлежности -ев: Гугнилев — буквально «сын Гугнилы» или «потомок того, кого прозвали Гугнилой».

Интересно, что слово «гугнивый» в древности не обязательно носило грубо-оскорбительный оттенок. В документах XV–XVII веков, в частности в актах, собранных С. Б. Веселовским, встречаются прозвища Гугня, Гугнивый, и они давались людям без злого умысла — просто как яркая внешняя примета. Такой человек мог быть вполне уважаемым ремесленником или крестьянином.

Морфологически фамилия прозрачна: корень гугн- (с чередованием, родственным «гнусавый»), суффикс -ил- (как в «носила», «зубрила»), образующий прозвище по действию, и фамильный суффикс -ев. Вариант написания с -ев, а не -ов, объясняется тем, что основа заканчивается на мягкий согласный (Гугнил-). Встречается также более редкая форма Гугнилов, но исходная — именно Гугнилев.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где диалектное слово «гугнивый» было особенно употребительно. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите эту фамилию, скорее всего, ваши предки жили в районах с устойчивым говором, где прозвища по речевым особенностям давали легко и без стеснения.

Других версий происхождения, например от тюркских или финно-угорских корней, нет — основа чисто славянская и диалектная. Фамилия не связана с духовным сословием (как, скажем, семинарские фамилии на -ский) и не указывает на занятие. Она прямо говорит о том, что предок был заметен окружающим своей манерой говорить.