Фамилия Гугнин образована от прозвища Гугня, которое, скорее всего, восходит к аналогичному нарицательному со значением «гнусавое бормотанье». Очевидно, это прозвище указывает на особенности речи предка: он, вероятно, имел обыкновение постоянно что-то говорить вполголоса. Прозвище Гугня носил легендарный первый атаман яицких (уральских ) казаков Василий Гугня. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гугня, со временем получил фамилию Гугнин.