Фамилия Гугнин образована напрямую от прозвища Гугня. В старину так называли человека, который говорил невнятно, себе под нос, — слово «гугня» означало именно гнусавое бормотанье. Основа здесь простая: корень «гуг-», звукоподражательный по своей природе, плюс суффикс прозвища «-н(я)». Модель типичная для русских фамилий: чей? — Гугнин, то есть «сын Гугни».

Однако у этой фамилии есть неожиданный исторический поворот. Прозвище Гугня носил легендарный персонаж казачьей истории — Василий Гугня, которого считают первым атаманом яицких (уральских) казаков. Если верить преданиям, этот человек жил в XVI веке и стоял у истоков вольного казачества на Яике. Так что фамилия может вести свою родословную не от безликого «бормочущего» человека, а от вполне конкретной исторической фигуры, пусть и полулегендарной.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Гугнин — это «маленький Гугня» или «потомок Гугни». В северных и центральных русских говорах такая модель преобладает. Поскольку прозвище Гугня не было особенно распространённым (в отличие от Гуги или Гугнивого), фамилия остаётся довольно редкой и локальной. Вероятнее всего, её основные корни — в казачьих областях или в регионах, куда переселялись выходцы с Урала.