Фамилия Гугнинская — это женская форма, образованная от мужской фамилии Гугнинский. В основе лежит географическое название или прозвище, что типично для фамилий на -ский/-цкий, которые в старину часто давались дворянам по названию родового поместья или выходцам из определённой местности. Корень «Гугн-» встречается в русских говорах и может быть связан с диалектным словом «гугня» — так в некоторых регионах называли человека с гнусавым голосом или невнятной речью. В словаре Даля «гугнявый» означает гнусавый, картавый, а «гугнить» — говорить в нос. Таким образом, первый носитель фамилии Гугнинский мог получить прозвище Гугня за особенности произношения.

Однако есть и другая версия: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта, например, деревни Гугнино или Гугня, которые встречаются в исторических документах центральной России. В таком случае Гугнинский — это указание на выходца из этих мест, а суффикс -ск- подчёркивает принадлежность к местности, а не к роду занятий. Форма Гугнинская, соответственно, принадлежала женщине из этого рода или была дана по мужу.

С точки зрения словообразования, фамилия редкая и несёт в себе двойную морфологическую нагрузку: суффикс -ин- мог добавиться уже в процессе русификации, когда к основе на -ск- присоединили типичный русский суффикс притяжательности. Это нестандартная модель, которая встречается у фамилий, возникших в поздний период, например, в XIX веке, при переписях или при переходе из польской или украинской формы.

Географически фамилия Гугнинская встречается в основном в центральных и северных областях России, но не имеет массового распространения. В дореволюционных источниках её можно найти в метрических книгах Вологодской и Костромской губерний, что подтверждает связь с северными говорами, где слово «гугня» было в ходу. Сословная принадлежность, скорее всего, недворянская: носители фамилии были крестьянами или мещанами, так как дворянские роды с таким корнем не фиксируются в родословных книгах.

Сегодня фамилия остаётся редкой, и её носители могут быть потомками тех самых «гугнявых» крестьян или выходцев из затерянной деревни. Споров между версиями нет — обе имеют право на жизнь, но прозвищная версия выглядит более правдоподобной из-за прямого соответствия диалекту.