Фамилия Гугнин — один из примеров того, как русская фамилия рождается из прозвища, данного по особенности речи. В её основе лежит прозвище Гугня. В старых говорах «гугня» означало «гнусавое бормотанье», невнятную, глухую речь. Так могли прозвать человека, который постоянно говорил вполголоса, себе под нос, или того, кто имел гнусавый голос. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Гугнин — «сын Гугни» или «потомок Гугни».

Необычность этой фамилии в том, что прозвище Гугня известно по историческим источникам. Его носил легендарный первый атаман яицких (уральских) казаков Василий Гугня. Фигура полулегендарная, но само упоминание такого прозвища в казачьей среде XVI–XVII веков показывает, что прозвище не было обидным или унизительным — скорее, цепким и запоминающимся.

В отличие от многих «ремесленных» или «географических» фамилий, Гугнины получили свою фамилию не от занятия или места жительства, а от личной, возможно, даже случайной черты. При этом слово «гугня» родственно диалектному глаголу «гугнить» (говорить невнятно, гнусаво), который встречается в северных и центральных русских говорах. Это даёт основание предполагать, что корни фамилии — не в одном регионе, а разбросаны по разным областям, где бытовало это слово.

В современных справочниках фамилия Гугнин встречается нечасто, что говорит о её относительной редкости. Точное время возникновения фамилии установить сложно, но её структура (основа на -я + суффикс -ин) характерна для фамилий, оформившихся в XV–XVII веках.