Фамилия Гугняев — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а физический или речевой недостаток. Корень здесь — «гугня», или «гугнивый», то есть человек, который говорит в нос, гнусаво. В старых русских говорах «гугня» означало «гнусавый», «гундосый», а глагол «гугнить» — говорить невнятно, сквозь нос. Прозвище Гугня давали тому, кто картавил или шепелявил, но чаще всего именно гнусавил.

Модель образования проста: прозвище Гугня плюс типичный русский суффикс принадлежности -ев. Окончание -ев, а не -ов, указывает, что основа оканчивалась на мягкий согласный (в данном случае на «я», которое в древности звучало как мягкое «а»). Так фамилия закрепилась за потомками: «чей?» — Гугняев, то есть сын или внук Гугни.

Интересно, что в диалектах встречается вариант «Гугнявый» — с тем же значением, но с другим суффиксом. Однако фамилия Гугняев образована именно от краткой формы прозвища, что типично для северных и центральных областей России. Никакой связи с «гуглить» или «гугенот» здесь нет — это народная этимология, лишённая исторических оснований.

В сословном отношении носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, а в дореволюционных переписях Гугняевы встречаются в основном в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях. В XIX веке фамилия была редкой и остаётся такой по сей день.

Сейчас Гугняевых в России — не больше нескольких сотен человек. Фамилия неблагозвучна для современного уха, но именно это делает её ценной для историка: она сохранила живое народное слово, вышедшее из обихода.