Фамилия Гугнякова — из числа тех, что прямо указывают на личную особенность предка. Основа здесь — прозвище Гугняк, которое образовано от прилагательного «гугнивый». В старых русских говорах так говорили о человеке с гнусавым, картавым голосом, о том, кто говорил «в нос» или имел привычку бормотать себе под нос. Слово это родственно диалектному «гугня» — тот же смысл, тот же звуковой образ.

Прозвище было ёмким и точным, поэтому легко закрепилось за человеком и со временем перешло в фамилию. Форма Гугнякова — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ов-, отвечающее на вопрос «чей?». Первоначально Гугняков означало «сын Гугняка» или «человек из семьи Гугняка». Суффикс -ов- здесь самый распространённый в русских фамилиях, но основа встречается редко, что делает фамилию заметной и непохожей на соседние.

Фамилия не ушла в забвение. В Книге памяти Самарской области есть запись о Павле Фёдоровиче Гугнякове, родившемся в 1908 году в Куйбышеве. Такие документальные следы подтверждают, что фамилия бытовала в Поволжье и сохранялась в XX веке. По говору и географии можно предположить, что корни рода — в северных или центральных русских областях, где слово «гугнивый» было в ходу, а позже носители могли сместиться на юго-восток.

В отличие от многих фамилий, образованных от внешних признаков, Гугнякова не даёт простора для альтернативных толкований: связь с «гнусавостью» прямая и почти бесспорная. Это редкий случай, когда прозвище не требует сложной расшифровки.