Фамилия Гугняков образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе Гугняк- прибавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Гугняка). В центре внимания — прозвище Гугняк. Его корень — глагол «гугнить» или «гундеть», то есть говорить невнятно, в нос, с гнусавым оттенком. В русских говорах слово «гугня» или «гундя» означало гнусавого человека, а также того, кто мямлит или бормочет. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище за манеру речи — либо из-за физической особенности (например, искривлённой носовой перегородки или хронического насморка), либо за привычку говорить неразборчиво.

В пользу этой версии говорит и звуковая форма: в фамилии сохранилось «г», что характерно для северных и среднерусских говоров, где слово «гугня» встречалось чаще, чем южное «гундя». Встречаются и однокоренные фамилии — Гугнин, Гундяев, Гундоров, но Гугняков стоит особняком из-за суффикса -як, который в русских прозвищах нередко придавал оттенок носителя признака (ср. «простак», «добряк»). То есть Гугняк — это не просто «гнусавый», а «человек с ярко выраженной гнусавостью», почти как кличка.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «гугня» в значении «небольшой мешок» или «сума» (в некоторых рязанских и тамбовских говорах). Если так, прозвище могло относиться к торговцу, носившему товар в мешке, или к человеку с мешковатой одеждой. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, такое значение локально и редкое, во-вторых, фамилия не встречается массово в тех регионах, где его фиксировали диалектологи.

По сословной принадлежности Гугняковы не выделялись: фамилия недворянская, не купеческая. В дореволюционных записях её носители — крестьяне и мещане, преимущественно из центральных губерний России. Встречается она нечасто, что тоже говорит в пользу прозвищного происхождения от конкретного человека, а не от массового ремесла или географического названия.