Фамилия Гугняева образована от прозвища или мирского имени Гугняй. Основа здесь — древнерусский глагол «гугнать» или «гугнить», то есть говорить в нос, гнусавить, невнятно произносить звуки. В диалектах слово «гугня» означало человека с гнусавым голосом или картавого. Прозвище давали по характерной особенности речи — и это одна из самых прозрачных по происхождению фамилий, без сложных этимологических загадок.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Гугняев — сын Гугняя. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -й (ср. Копей — Копеев, Лепетай — Лепетаев). Интересно, что в некоторых южнорусских и белорусских говорах слово «гугня» могло относиться не только к речи, но и к ворчуну или брюзге, однако основное значение всё же связано с дефектом произношения.

Географически фамилия редкая. Основные очаги бытования — центральные области России, особенно бывшая Тверская и Смоленская губернии, где диалектная форма «гугнявый» фиксировалась этнографами. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Гуняев, но это уже другая фамилия, от имени Гуня (уменьшительное от Георгий или Август).

В сословном отношении носители фамилии относились к крестьянам и мещанам. В ревизских сказках XIX века Гугняевы записаны как государственные крестьяне в нескольких уездах Тверской губернии. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено, что подтверждает её «прозвищное», бытовое происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Гугнин, Гугнов, Гугляев — то Гугняева стоит особняком из-за суффикса -яй, который в русской антропонимии встречается реже, чем -ай или -ей. Этот суффикс часто придавал прозвищу оттенок многократности действия: Гугняй — тот, кто постоянно гугнит. Такая модель характерна для северо-восточных говоров, что делает фамилию маркером определённого диалектного ареала.