Фамилия Гуньчихин — редкий пример, когда географическая привязка важнее разбора по составу. Внешне она выглядит как притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, но на деле это не «чей-то», а «откуда-то». Основа — топоним Гуньчиха. Такое название носят несколько урочищ и заброшенных деревень, в основном на севере европейской части России: в Вологодской, Архангельской областях, в Карелии. Жителя Гуньчихи называли гуньчихинским, а потом просто гуньчихиным — так закрепилось прозвище, а затем и фамилия.

Корень «гунь» в русских говорах означает нечто ветхое, плохое. «Гуня» — старая одежда, рубище, тряпьё. В пермских и вятских говорах «гунькать» — говорить невнятно, бормотать. Гуньчиха могла быть деревней, где жили бедные или неряшливые люди, либо местом, названным по первому поселенцу с прозвищем Гуня. В любом случае, суффикс -их- в топониме указывает на принадлежность: «Гуньчиха» — «земля/деревня Гуни». Фамилия, таким образом, оттопонимическая, а не отчественная.

Встречается фамилия в основном в Архангельской области и в Забайкалье — там, куда переселенцы с Русского Севера уходили в XVII–XVIII веках. Это типично северорусская модель: фамилии на -ихин, -ихов, -иных часто возникали из названий деревень с суффиксом -их(а). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово давали по отцу, Гуньчихин сохранил память о конкретном месте жительства. Ударение, скорее всего, на первый слог: Гу́ньчихин, хотя в устной речи нередко смещается.

Спорных версий немного. Можно предположить, что основа — «гунь» (от «гундосить»), но это менее вероятно: суффикс -чих- в прозвищах нехарактерен. Прямой связи с фамилией Гунько (украинской или белорусской) нет — там другой ареал и словообразовательный тип. Гуньчихин — почти наверняка северный след, который ведёт к конкретному озеру, болоту или заброшенному погосту, где когда-то жил человек по прозвищу Гуня.