Фамилия Гунихин — редкий случай, когда при беглом взгляде кажется, что перед нами типичная «отчественная» фамилия с суффиксом -ин, но корень выдаёт нечто другое. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Гунихин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Гуня, Гуниха. Но что стоит за основой «Гуних-»?

Здесь возможны два основных пути, и оба ведут в диалектную лексику северо-запада и севера России. Первая, самая вероятная версия: прозвище Гуня (или Гунька) происходит от слова «гуня» — так в старину в новгородских и псковских говорах называли ветхую, худую одежду, рубище, а также небрежного, неряшливого человека. В словаре Даля «гуня» — это «ветхая одежонка», «оборвыш». Прозвище Гуня мог получить либо бедняк, носивший лохмотья, либо, напротив, человек, который над одеждой не трясся. От этого прозвища образовались фамилии Гунин, Гунькин, а Гунихин — более редкая форма, где суффикс -их- указывает на принадлежность к роду (буквально «из семьи Гуни»). Фактически Гунихин — то же, что Гунин, но с характерным для северных и сибирских говоров окончанием -ихин, которое фиксирует родовую принадлежность жёстче: «из дома Гунихи».

Вторая версия, менее распространённая, но не менее интересная: основа «Гуних-» может восходить к каноническому имени Гурий или его уменьшительной форме Гуня. В народе имя Гурий (от древнееврейского «львёнок») часто сокращали до Гуня, а фамилия Гунихин — это вариант «Гурихин» или «Гунев», где суффикс -ихин прирос к форме Гуня. Однако в этом случае ожидалась бы фамилия Гунин или Гунькин, а форма на -ихин встречается реже и характерна для тех же северных территорий.

Географически фамилия Гунихин тяготеет к Вологодской, Архангельской областям и Пермскому краю — регионам, где сохранился старый тип фамилий на -их/-ых (Гуниных, Гунихиных). В архивных записях XIX века Гунихины встречаются среди крестьян и мещан, но массово фамилия не расселилась, оставаясь локальной.

Итог: ваш предок, скорее всего, получил прозвище Гуня за невзрачный вид или бедность, а фамилия закрепилась с северным суффиксом, указывающим на принадлежность к роду. Это не дворянская и не купеческая фамилия — типичная крестьянская «прозвищная» фамилия Русского Севера.