Фамилия Гунин — одна из тех, где за основу взяли прозвище, а не крестильное имя. Прозвище Гуня в старину означало ветхую, худую одежду, лохмотья. Скорее всего, так могли назвать человека, который ходил в обносках, либо, что бывает реже, мастера, который такую одежду чинил или продавал. В любом случае прозвище указывало на социальное положение или бытовую черту предка.

Менее вероятная, но тоже возможная версия — связь с прилагательным «гунявый», то есть лысый, плешивый. Если это так, то прозвище Гуня получил человек с заметной лысиной. Обе версии не противоречат словообразовательной модели: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Гуни), так что фамилия значит «потомок Гуни».

Первое документальное упоминание фамилии относится к XVI веку. В письменных источниках сохранилось имя конюха Ивана Грозного — Девятко Семенов Гунин (1573 год). Это говорит о том, что уже в ту пору фамилия бытовала среди служилых людей и дворцовых служащих. Среди известных носителей — Лев Гунин, современный русский писатель и поэт.

Точное место возникновения фамилии установить трудно: процесс формирования шёл долго, а прозвище Гуня могло появиться в разных регионах независимо. Тем не менее, фамилия Гунин — живой пример того, как бытовое слово, обозначавшее старую одежду, стало основой для фамильного имени, дожившего до наших дней.