Фамилия Гунин — одна из тех, что образованы не от крестильного имени, а от прозвища. В её основе лежит слово «гуня». В старину так называли ветхую, худую одежду, лохмотья. Человек, получивший прозвище Гуня, скорее всего, либо носил бедную, изношенную одежду, либо, по другой версии, сам был неряшлив и небрежен в быту. Так фамилия указывала на внешний вид или материальное положение предка.

Суффикс -ин в фамилии типичен для русской модели образования от основ на -а/-я: Гуня — сын Гуни, то есть Гунин. Это простой и прозрачный способ назвать потомка по отцу.

Менее вероятна, но всё же обсуждается связь прозвища Гуня с прилагательным «гунявый» — «лысый, плешивый». В этом случае фамилия могла указывать на внешнюю примету: отсутствие волос. Однако первая версия, связанная с одеждой, встречается в источниках чаще и выглядит более убедительной.

Из письменных источников известен конюх Ивана Грозного Девятко Семенов Гунин, упомянутый в 1573 году. Это одно из ранних документальных подтверждений фамилии. Среди современных носителей — писатель и поэт Лев Гунин.

Таким образом, фамилия Гунин не имеет отношения к знатному происхождению, а восходит к бытовому прозвищу, которое давали по одежде или внешности.