Фамилия Гунина — женская форма распространённой русской фамилии Гунин. В её основе лежит прозвище Гуня. В старину так называли ветхую, худую одежду, лохмотья. Скорее всего, прозвище указывало на бедное материальное положение предка или на его небрежность в одежде. Менее убедительная версия связывает прозвище с диалектным словом «гунявый» — лысый, плешивый, но она уступает первой по распространённости и правдоподобию.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе Гуня добавили суффикс принадлежности -ин, а затем окончание, указывающее на женский род. Получается «дочь или жена Гуни». Первые письменные свидетельства о фамилии Гунин относятся к XVI веку. В 1573 году в документах упоминается конюх Ивана Грозного Девятко Семенов Гунин — это одно из самых ранних известных упоминаний.

Среди современных носителей фамилии известен писатель и поэт Лев Гунин. Так что потомок человека с прозвищем Гуня, жившего несколько веков назад, со временем получил фамилию, которая теперь звучит как Гунина.