Фамилия Гунова — женская форма, а её мужской вариант Гунов. Принадлежит к числу русских фамилий, образованных через суффикс -ов, что указывает на принадлежность: «чей?» — «Гунов», то есть сын или потомок человека по прозвищу Гун. Разбирать фамилию логичнее именно с прозвища, а не с крестильного имени, потому что «Гун» в русской ономастике — не каноническое имя, а скорее уличное или бытовое прозвище.

Значение слова «гун» в русских говорах неоднозначно, и тут возможны две основные версии, обе правдоподобные. Первая: в диалектах северных и центральных областей «гун» — это гул, шум, гудение. Человек мог получить такое прозвище за громкий голос, привычку говорить басом или даже за невнятную, «гудящую» речь. Вторая версия связывает прозвище с древним значением глагола «гунить» — медлить, мешкать, бездельничать. В этом случае Гуном называли человека неторопливого или ленивого. В словаре Владимира Даля «гунить» фиксируется именно в значении «медлить», а «гун» — как производное от этого глагола. Вторая версия кажется более убедительной, потому что прозвища по характеру или поведению в крестьянской среде были распространённее, чем прозвища по голосу.

Встречается и более редкая гипотеза: связь с тюркским словом «гун» (день, солнце) или с именем древнего кочевого народа гуннов. Но для русской фамилии этот корень маловероятен. География фамилии Гунов/Гунова в основном охватывает центральные и северные регионы России (Вологодская, Архангельская, Костромская области), что совпадает с ареалом диалектного слова «гун». Встречаются также варианты с другим ударением — Гуно́в, что может указывать на украинское или белорусское происхождение, где суффикс -ов присоединялся к основе с другим ударением.

Фамилия не относится к числу дворянских или столбовых — её носителями были крестьяне и посадские люди. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян Гуновых в писцовых книгах по Вологодскому уезду. Таким образом, предки современных Гуновых — скорее всего, северные русские крестьяне, получившие прозвище за медлительность или громкий нрав, а фамилия закрепилась за их потомками по стандартной модели «прозвище + -ов».