Фамилия Гуничева образована от прозвища Гуня. В старину гуней называли ветхую, худую одежду, лохмотья. Скорее всего, прозвище указывало на бедное материальное положение предка — человека, который ходил в обносках. Впрочем, в говорах у слова «гуня» были и другие значения: так могли назвать вялого, неповоротливого человека или даже лентяя. Менее вероятна связь с прилагательным «гунявый» — лысый, плешивый: эта версия слабее, потому что прозвища по внешности в этой модели встречаются реже, чем по одежде.

Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Гуничев — сын или потомок Гуни. Форма Гуничева — женский вариант, который закрепился в документах. Сама модель образования типична для северных и центральных русских земель: отчество на -ев от прозвища на -я.

Встречается фамилия редко, в основном в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центральной России. Там фамилия и закрепилась, сохранив память о предке, которого когда-то прозвали за бедность или небрежный вид.