Фамилия Гундакчян — один из ярких примеров того, как русский язык адаптировал армянскую фамилию, сохранив её национальный колорит. В основе лежит армянский патронимический суффикс -ян (или -янц), который означает «принадлежащий», «из рода». В русской традиции он часто упрощался до -ян или -ов, но здесь сохранился в исходной форме, что для армянских фамилий в России — обычное дело.

Корень «Гундак» — это, скорее всего, прозвище или уменьшительная форма от армянского слова «гунд» (գունդ), что значит «шар», «круг», «ком». В армянском языке «гундак» (գունդակ) — это «шарик», «комочек», «клубок». Такое прозвище могло даваться человеку за круглую фигуру, любовь к чему-то свёрнутому в клубок (например, к пряже), или даже за характер — крепкий, «сбитый». В ономастике подобные прозвища по внешности или поведению — одни из самых древних.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с ремеслом. В армянском есть слово «гундак» в значении «пуговица» или «застёжка» (от того же «гунд»). Тогда Гундакчян мог быть потомком мастера по изготовлению пуговиц или мелких металлических деталей. Однако это предположение слабее: прозвищный вариант встречается чаще, чем профессиональные фамилии с таким суффиксом.

Географически фамилия Гундакчян — типичная для армянской диаспоры, особенно из регионов Западной Армении (исторические области Васпуракан, Сасун) или Нагорного Карабаха, где распространены фамилии на -ян. В России и странах СНГ носители встречаются в армянских общинах, но фамилия не слишком частая, что делает её относительно редкой.

В русском языке фамилия склоняется по правилам армянских фамилий на -ян: в мужском роде — Гундакчян, Гундакчяна, Гундакчяну и т.д.; в женском — не склоняется, если женщина носит фамилию мужа, или склоняется, если это её девичья фамилия (но в быту чаще оставляют без изменений). Ударение, скорее всего, на последний слог — Гундакчя́н, хотя в разговорной речи возможны варианты.