Фамилия Гундаковы образована от личного прозвища Гундак. В её основе, вероятнее всего, лежит украинский глагол «гундосити» — «говорить в нос, монотонно и неразборчиво». Прозвище отражало особенности речи предка: так могли назвать человека с гнусавым или невнятным голосом.

Есть и вторая версия, связанная с нарицательным «гундор». В одних говорах это слово означало «болтун, говорун», в других — «толстыш, неуклюжий человек». В таком случае прозвище Гундак мог получить либо говорливый, либо полный и неповоротливый человек. Какая из версий верна для конкретной ветви рода, сейчас сказать трудно, но обе укладываются в логику русских прозвищ, которые давали по внешности или поведению.

Интересно, что С. Б. Веселовский в своих ономастических работах упоминает целый ряд родственных фамилий и прозвищ: Гундор Васильевич Тетерин (1530 г., Ростов), Федор Федорович Гундарин (1531 г., Галич), Гундорев Михайлович Братцев (1545 г., Новгород), а также князей Гундариных. Это говорит о том, что основа «гунд-/гунд-» была распространена в разных формах по всей территории Руси уже в XVI веке. Гундаковы — одна из ветвей этого гнезда фамилий, закрепившаяся в форме на -ов.

По модели образования фамилия типична для восточнославянского ареала: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Гундаков — сын или потомок Гундака. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным, но понятно, что прозвище-основа бытовало в среде, где говорили на украинских или южнорусских говорах.