Фамилия Гунидин образована от прозвища или неканонического имени Гунида. Основа здесь — глагол «гунить» или диалектное слово, означавшее в русских говорах «гудеть», «издавать протяжный звук», а также «медлить, тянуть» или «ворчать». В разных регионах оттенки значения могли различаться: где-то Гунидой называли медлительного человека, где-то — того, кто постоянно недоволен и бормочет себе под нос. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын Гуниды, потомок человека с таким прозвищем.

По словообразовательной модели Гунидин стоит в одном ряду с фамилиями от прозвищ на -ида: Долгидин (от «долгий»), Борзидин (от «борзый»). Эта модель встречается реже, чем патронимы на -ов/-ев, что делает фамилию отчётливо нестандартной. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, где диалектная лексика сохранялась дольше, но точную географию бытования по современным данным проследить трудно — фамилия редкая, носителей немного.

В некоторых говорах «гунить» означало также «играть на гудке» или «петь нестройно». Если прозвище Гунида закрепилось за музыкантом-любителем или скоморохом, то фамилия несёт отпечаток народной культуры, где прозвища часто давали по характерному занятию или привычке. Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с тюркским корнем «гун» — «день, солнце», но для русской фамилии такая этимология выглядит натянутой, так как суффикс -ида нехарактерен для тюркских заимствований в русском именослове.

В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется среди дворянских родов — скорее всего, Гунидины были крестьянами или мещанами. В документах XVII–XVIII веков, например в переписных книгах, подобные прозвища могли записывать без фамильного суффикса: «Гунида Иванов сын», и лишь позже, к XIX веку, закрепилась форма Гунидин. Сейчас это редкая фамилия, сохранившая в основе живое диалектное слово, которое уже почти вышло из обихода.