Фамилия Гуников — типичная русская фамилия, образованная по простой и распространенной модели: к основе (прозвищу или имени) добавлялся суффикс принадлежности -ов. В данном случае основой стало прозвище Гуник, а суффикс -ов буквально означает «чей?» — то есть «сын Гуника» или «потомок Гуника». Такая форма была особенно характерна для центральных и северных областей России, где фамилии на -ов доминировали.

Сам корень прозвища неоднозначен, и у исследователей есть несколько версий его происхождения. Первая отсылает к диалектному глаголу «гунить» — «говорить, сказывать». Если это так, то Гуником могли прозвать словоохотливого, общительного человека или, наоборот, искусного рассказчика, сказочника. Вторая версия связывает прозвище с существительным «гуня» — словом с богатой диалектной географией. В восточных говорах «гуня» означала «худая, ветхая, истасканная одежда», в вятских — просто «рубаха, сорочка», а в северных диалектах так называли вялого, нерасторопного человека. Таким образом, прозвище Гуник могло указывать на разные вещи: на бедность предка (он носил старую одежду), на его профессию (портной или торговец одеждой) или на медлительный характер.

С точки зрения словообразования интересно, что в основе лежит не полное имя, а именно прозвище с уменьшительным или, точнее, обиходным суффиксом -ик. В русской ономастике такие формы часто возникали как прозвания по внешнему признаку, поведению или роду занятий, а затем закреплялись в фамилии. Фамилия Гуников встречается нечасто, и это может говорить о её локальном происхождении — скорее всего, она возникла в одной из областей, где было распространено слово «гуня» или глагол «гунить». В официальных источниках и известных справочниках, вроде работ Б. Унбегауна, эта фамилия не относится к числу широко распространённых, что делает её типичным примером редкой «прозвищной» фамилии, сохранившей память о диалектном слове или характерной черте конкретного человека.