Фамилия Гургенбекова — одна из тех, что сразу выдают кавказское происхождение, а точнее — армяно-тюркский сплав в основе. Она образована от мужского имени Гургенбек, которое составное: «Гурген» — это распространённое армянское имя, восходящее к древнеперсидскому Vourkāna (в значении «волк» или «из Гиркании», исторической области на юго-востоке Каспия), а «бек» — тюркский титул, означающий «господин», «князь», «предводитель». Таким образом, имя Гургенбек можно перевести как «господин Гурген» или «князь-волк», что подчёркивало знатное положение или уважение к носителю.

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: Гургенбекова — это «дочь» или «жена» Гургенбека. В русской традиции фамилии на «-ов/-ев» закрепились как стандартная форма для женщин, но в данном случае исходная мужская фамилия — Гургенбеков. Она образована по русской модели от тюркского имени с армянским корнем, что типично для народов Закавказья, особенно армян, живших в зоне тюркского влияния (например, в Карабахе, Эриванской губернии или среди армян-мусульман, известных как хемшилы).

Примечательно, что фамилия Гургенбекова встречается почти исключительно у армян, но с сильным тюркским отпечатком. Это говорит о том, что предки носительницы, скорее всего, были из армянской среды, где титул «бек» использовался как часть имени для обозначения знатности или воинского достоинства. В XIX — начале XX века такие составные имена часто давали детям в семьях, стремившихся подчеркнуть свой статус, особенно в условиях Российской империи, где титулы имели вес. В отличие от многих русских фамилий, которые застыли в форме прилагательных (типа «Смирнов»), Гургенбекова сохранила прямую связь с личным именем предка, что делает её прозрачной для этимологии, но редкой в документах.

С точки зрения географии, фамилия больше всего распространена в Армении и среди армянской диаспоры, а в России встречается спорадически, чаще в южных регионах. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не упоминается, так как не является славянской, но в армянской ономастике её можно отнести к типу «фамилий-прозвищ» по имени отца. Спорных версий здесь немного: основа очевидна, хотя некоторые могут ошибочно считать «Гурген» грузинским именем (у грузин есть схожее Гургенидзе), но армянский корень здесь первичен.