Фамилия Гусаченко образована по распространённой в украинской и южнорусской ономастике модели: к основе прозвища Гусач добавили суффикс -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок». Буквально Гусаченко — «сын Гусача». Такая фамилия не закрепилась бы за одним человеком: она передавалась детям и становилась родовой.

Основа прозвища Гусач восходит к слову «гусак» — самец гуся. Выбор птичьего прозвища для ребёнка в народной традиции часто объясняли обережной магией: называя младенца Гусачом, родители как бы «прятали» его от злых сил, желая, чтобы он перенял от гусака здоровье, силу или важную осанку. Но прозвище могло закрепиться и за взрослым — либо за человеком с гордой, «гусиной» походкой и характером (в переносном смысле гусаком называли важного, напыщенного мужчину), либо за крестьянином, который разводил гусей на продажу или пас их. В сёлах, где птицеводство было основным подспорьем, такие прозвища давали без насмешки, скорее по роду занятий.

Модель с суффиксом -енко характерна для Левобережной Украины и прилегающих областей России. Фамилии на -енко встречаются в Черниговской, Полтавской, Харьковской, Курской и Воронежской губерниях — именно там прозвище Гусач и дало начало фамилии Гусаченко. В документах XVIII–XIX веков можно встретить и параллельные формы: Гусаченков, Гусач, Гусаков — но суффикс -енко указывает на украинскую или южнорусскую среду, где такие фамилии были нормой.

Иногда фамилию Гусаченко путают с Гусаченков или Гусаченко-Бойченко, но это разные родовые ветви. Встречается и вариант ударения: в одних семьях ставят на второй слог (Гуса́ченко), в других — на третий (Гусаче́нко), что зависит от местного говора. Спорных версий происхождения (например, от имени Гусь или от тюркского «гуса») нет — прозвище Гусач уверенно выводится из славянского названия птицы, и это признают все ономасты, опираясь на словарь русских фамилий Б. Унбегауна и работы В. Никонова по восточнославянским прозвищам.