Фамилия Гусенаджиева звучит непривычно для русского уха, и это не случайно: она почти наверняка имеет кавказское происхождение. В основе фамилии лежит мужское имя Гусен — одна из народных, адаптированных форм арабского имени Хусейн (в переводе «хороший», «красивый»). Имя Хусейн широко распространено у мусульманских народов, и в разных языках оно превращается в Гусейн, Гусен или Гусан. Вторая часть фамилии, «-аджи», — это указание на статус. «Аджи» (или «хаджи») — почётный титул мусульманина, совершившего паломничество (хадж) в Мекку. Таким образом, исходное прозвище или имя «Гусен-аджи» означало «Гусен, который совершил хадж», то есть уважаемый, религиозный человек. Суффикс «-ева» в конце — типичный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность («дочь» или «жена»). Получается, что Гусенаджиева — это буквально «дочь (или жена) Гусен-аджи».

Модель образования фамилии — сращение имени и титула с последующей русификацией — характерна для народов Дагестана, Чечни и Ингушетии. В этих регионах сложные фамилии, состоящие из личного имени и социального или религиозного прозвища, не редкость. Фамилия могла закрепиться за родом, основатель которого был известен под именем Гусен-аджи. Примечательно, что в русской записи фамилия сохранила ударение, свойственное кавказским языкам: скорее всего, оно падает на второй слог — Гусенаджи́ева, хотя в бытовой речи возможны варианты.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Гусенаджиева несёт в себе чёткий социальный маркер — принадлежность предка к религиозной элите. В дореволюционном Дагестане статус хаджи давал человеку авторитет и влияние, поэтому фамилия могла принадлежать роду уважаемых духовных лиц или зажиточных крестьян, которые смогли позволить себе дорогостоящее паломничество. Встречаются также варианты написания — Гусейнаджиева или Гусан-Аджиева, но форма «Гусенаджиева» — одна из наиболее устоявшихся в русскоязычных документах.