Фамилия Гусенникова — женская форма от Гусенников, а та, в свою очередь, образована от прозвища или профессии через суффикс -ник, что сразу указывает на род занятий или характерную черту предка. В русских фамилиях суффикс -ник встречается реже, чем -ов или -ин, и почти всегда привязан к конкретному делу: мельник, плотник, сапожник. Гусенников — не исключение.

Основа здесь — «гусь». Но не стоит спешить с выводом, что предок пас гусей или торговал ими. В говорах «гусенник» могло означать не только птичника, но и человека, который делал гусиные перья для письма (писарские принадлежности), или того, кто носил длинную шею — прозвище по внешности. В словаре Даля «гусенник» — это ещё и растение (лапчатка гусиная), но вряд ли фамилия пошла от травы: скорее, от живого существа или ремесла.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России: Архангельская, Вологодская, Костромская губернии. Там разведение гусей было промыслом, а прозвища по птицам — обычным делом. Встречается и вариант Гусеников (через «и»), но он мог возникнуть под влиянием акающего произношения или от другого корня — «гусеница», что маловероятно из-за редкого употребления этого слова в прозвищах.

Суффикс -ов в мужской форме Гусенников — стандартный патронимический, закрепляющий принадлежность: «сын Гусенника». Таким образом, первый носитель фамилии был либо сыном человека по прозвищу Гусенник, либо сам носил это прозвище, которое затем перешло в фамилию. Сословных ограничений нет: такие «ремесленные» фамилии встречались и у крестьян, и у мещан, и у купцов.

В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с конца XVIII века, преимущественно в среде государственных крестьян. В советское время она не исчезла, но осталась относительно редкой — по переписи 2020-х годов, в России насчитывается около двух тысяч носителей обоих полов.