Фамилия Игнаев образована от имени Игнай — просторечной, усечённой формы канонического крестильного имени Игнатий. Это имя восходит к латинскому Ignatius, что значит «огненный». Разбирая модель, видим: основа Игнай плюс патронимический суффикс -ев, указывающий на происхождение («сын Игная»). Суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкого согласного [й], что типично для русской ономастики.

В быту имя Игнатий часто сокращали до Игнай, Игнатка, Игоня. Такие усечённые формы — не редкость в русских фамилиях: параллельно с Игнатьевым (от полного Игнатий) возникли Игнаев, Игнаткин, Игонькин. Фамилия Игнаев, таким образом, более «короткая» и разговорная по происхождению, чем её однокоренной вариант с суффиксом -ев-.

По географии фамилия встречается в центральных областях России, особенно в бывших владениях Новгорода и Пскова, где любили усекать имена на -ай: Минай, Кузьмай, Игнай. Встречается она и у старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные или местные варианты имён. В некоторых говорах имя Игнай могло закрепиться как самостоятельное, уже не воспринимавшееся как сокращение.

Вероятно, предок носителя фамилии Игнаев был человеком с именем Игнай — крестьянином, ремесленником или служилым, но не из высших сословий, так как полное имя Игнатий в документах чаще фиксировалось у духовенства и дворян. Сама форма на -ев указывает на патроним, то есть фамилию дали по отцу, а не по прозвищу или занятию.