Фамилия Игнаева образована от просторечной формы крестильного имени Игнатий — Игнай. Имя Игнатий пришло в русский язык из латыни (Ignātius) и восходит к слову ignis — «огонь», так что его значение — «огненный». В народной среде полное церковное имя часто сокращали и переделывали на свой лад: Игнат, Игнаша, Игнаха, а также Игнай. Именно эта краткая форма и легла в основу фамилии.

По словообразовательной модели фамилия относится к самому распространённому в русской ономастике типу — притяжательным фамилиям на -ев. Суффикс -ев присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й»: Игнай — Игнаев, то есть «сын Игная». Такая модель доминировала в центральных и северных регионах России, где фамилии активно складывались в XVI–XVII веках.

То, что в основе лежит не каноническое Игнатий, а разговорный Игнай, указывает на простое происхождение родоначальника. В крестьянской и посадской среде полные имена употребляли реже, а в документах фиксировали то, как человека звали в быту. Поэтому Игнаевых — потомков человека по имени Игнай — исторически было больше, чем если бы фамилия пошла от книжной формы.

Фамилия встречается преимущественно в европейской части России, особенно в Поволжье и центральных областях. Встречается и вариант Игнаев, и женская форма Игнаева — разница только в окончании, а происхождение и значение одни и те же. Среди однокоренных фамилий — Игнатов, Игнатьев, Игнашин, Игнашов, но все они восходят к разным производным от одного корня, и Игнаева стоит в этом ряду особняком благодаря редкой основе на -ай.

Таким образом, фамилия Игнаева — это память о предке, которого в быту звали Игнаем, и прямое указание на то, что его род происходил из среды, где ценили простые, живые формы имени, а не официальные церковные варианты.