Фамилия Игнатеня — редкий случай, когда суффикс не столько «делает» фамилию, сколько выдает её географическое происхождение. В основе, как легко догадаться, лежит каноническое имя Игнатий (от латинского ignis — «огонь»), в народной форме Игнат. Но если большинство фамилий на этой основе заканчиваются на -ов, -ев или -енко, то здесь мы видим суффикс -еня.

Этот суффикс — характерная примета западных регионов, прежде всего Беларуси и западных областей России (Смоленщина, Брянщина). В белорусской ономастике модель на -еня часто образовывала патронимы (фамилии по отцу) с уменьшительным или «сыновним» оттенком: Игнатеня буквально означало «маленький Игнат» или «сын Игната». Похожий механизм мы видим в фамилиях типа Гавриленя, Яковленя.

Интересно, что в русской традиции фамилии с таким окончанием не склоняются по падежам как типичные славянские фамилии. Они застыли в форме, близкой к именительному падежу, что тоже выдает их белорусское или польское влияние (ср. польские фамилии на -enia). Носитель фамилии Игнатеня, скорее всего, потомок крестьянина или мещанина из западных губерний Российской империи, где такие «сыновьи» формы были массовым способом фамилирования в XIX веке.

В отличие от фамилий на -енко (украинских) или -ов (великорусских), Игнатеня встречается локально и не имеет широкой географии. Встречается она и в Беларуси, и в России, но почти всегда указывает на корни в белорусско-русском пограничье. Спорных версий происхождения здесь нет: корень прозрачен, модель словообразования типична для региона, а альтернативные толкования (от прозвища или названия профессии) не выдерживают критики — слишком очевидна связь с крестильным именем.