Фамилия Игнатушин образована от имени Игнатуша — одной из просторечных, уменьшительно-ласкательных форм канонического крестильного имени Игнатий. Само имя Игнатий восходит к латинскому ignis (огонь) и означает «огненный», хотя есть и версия, возводящая его к латинскому ignotus — «неведомый», «неизвестный». Какая из трактовок точнее, сказать трудно, но в русской ономастике закрепилось первое значение, и оно же породило устойчивую ассоциацию с пылким, горячим характером.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Игнатуши». Это характерный патронимический суффикс, типичный для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин столь же распространены, как на -ов на юге. Сама основа Игнатуша — разговорный вариант, возникший в крестьянской и посадской среде: в быту полные церковные имена редко использовались, их заменяли сокращёнными формами на -уша, -юша, -ня, -ка.

Интересная деталь: фамилия Игнатушин встречается значительно реже, чем однокоренные Игнатов, Игнатьев или Игнашин. Причина в том, что форма Игнатуша была локальной — она бытовала в основном в западных и северо-западных губерниях Российской империи, особенно на территории современной Псковской и Новгородской областей. Там же зафиксированы и другие фамилии с тем же суффиксом -уша: Матюшин, Петрушин, Валюшин. Это говорит о том, что носители фамилии Игнатушин, скорее всего, происходят из крестьян этих земель, где имя Игнатий сокращали именно так.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия не несёт сословной окраски: её могли получить и крестьяне, и мещане, и духовенство (у священников Игнатий тоже был популярен). Однако именно вариант на -уша — признак неофициального, бытового именования, поэтому в дворянской среде он почти не встречался. Таким образом, предки современных Игнатушиных — люди, которых в документах записывали по отцу: «Иванов сын Игнатуша», а со временем прозвище закрепилось как фамилия.

В словаре русских фамилий Б. Унбегауна форма Игнатушин не упоминается отдельно, но модель с суффиксом -ин от основ на -уша описана как типичная для севернорусского ареала. Если сопоставить это с данными переписей XIX века, наибольшая плотность фамилии приходится на Псковщину — там и сегодня можно встретить Игнатушиных чаще, чем в других регионах.