Фамилия Игнатуша — редкий пример того, как полное каноническое имя превратилось в прозвище, а затем закрепилось в качестве фамилии. В её основе лежит крестильное имя Игнатий (от латинского ignis — «огонь»). Но если большинство однокоренных фамилий (Игнатов, Игнатьев, Игнашин) образованы стандартными суффиксами принадлежности, то здесь мы видим суффикс -уш- с уменьшительно-ласкательным или, что вероятнее, пренебрежительным оттенком. В русской народной среде такие формы (Игнатуша, Петруша, Валюша) нередко давали не детям, а взрослым — как шутливое или фамильярное прозвище. То есть Игнатушей могли назвать мужика, который по характеру или поведению напоминал простоватого, незлобивого Игната, или же так за глаза звали барина, с которым были на короткой ноге.

Словообразовательная модель здесь архаичная. Фамилия застыла в форме именительного падежа единственного числа, без патронимического суффикса -ов/-ев. Это указывает на её относительно позднее происхождение (не раньше XVII–XVIII веков) и на то, что она могла возникнуть в среде, где фамилии ещё не устоялись: у крестьян, однодворцев или казаков. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям — в переписях XIX века Игнатуши встречаются в Курской, Воронежской губерниях и на Слобожанщине. В центральных же областях предпочтение отдавали форме Игнатов.

Любопытно, что в отличие от фамилий на -уша, образованных от прозвищ по профессии (например, Гречуша — от гречневой крупы), здесь основа чисто антропонимическая. Это делает фамилию Игнатуша своего рода «фонетическим портретом»: она сохранила живую, разговорную интонацию, с которой когда-то окликали человека. Никаких иных версий происхождения (от географических названий или занятий) у этой фамилии нет — корень однозначно восходит к имени Игнатий, а суффикс указывает на прозвищный, неофициальный путь её становления.